Osierocona dziewczynka trafia do internatu, gdzie stawia czoła problemom typowych nastolatków. Dodatkowo odkrywa magiczną krainę Centopię, w której, jako elf, razem z przyjaciółmi, jednorożcami i faunami walczy ze złą Pantheą.
Jedenastolatka Lilly wybiera się w odwiedziny do swojego dziadka. Przez pomyłke wsiada do niewłaściwego pociągu, który zawozi ją na odległą wyspę Sodor, gdzie żyje sobie mały niebieski parowóz o imieniu Thomas.
Kolejny wróg czarodziejek - Cyrk Martwego Księżyca przybywa do Tokio, by złapać ukrywającego się w ludzkich marzeniach Pegaza i zawładnąć Złotym Kryształem.