Zbliżają się święta Bożego Narodzenia, a wyjątkowo podekscytowana tym faktem Haruhi Suzumiya postanawia z tej okazji zorganizować przyjęcie w którym uczestniczyć mają wszyscy członowe Brygady SOS. Wydawałoby się, że wszystkie przygotowania idą wyjątkowo spokojnie, szczególnie biorąc pod uwagę stabilny stan emocjonalny Haruhi, ale gdy następnego dnia Kyon udaje się do szkoły okazuje się, że nikt taki jak Haruhi Suzumiya nigdy nie uczęszczał z nim do jednej klasy, mało tego Brygada SOS zdaje się również nie istnieć.
Rząd japoński potajemnie finansuje dwie działające jednostki zwalczające coraz częściej pojawiające się zjawiska nadprzyrodzone. Organizacje te to: P.D.C.H., oraz specjalny wydział Ministerstwa Środowiska. Podczas jednej z akcji oddział P.D.C.H. zostaje zdziesiątkowany przez potężną nadnaturalną istotę. Kiedy do walki wkraczają ludzie Ministerstwa Środowiska szybko okazuje się, że sprawczynią masakry jest ich była koleżanka.
W bliżej nieokreślonej przyszłości, wszyscy noszą okulary które nakładają na świat rzeczywisty jego odbicie w cyberprzestrzeni, również umożliwiają wykonywanie telefonów i obsługę programów przy pomocy prostych ruchów ręką. W mieście Daikoku, cyberprzestrzeń zachowuje się inaczej niż gdziekolwiek indziej, dochodzi tu do dziwnych wypadków, właścicielom giną ich "cyber zwierzaki", a w cyberprzestrzeni miasta znajduje się dużo niezbadanych obszarów. Zagadkami cyberprzestrzeni Daikoku zajmuje się organizacja detektywistyczna Coil, złożona z dzieci, które wydają się lepiej niż dorośli zauważać tajemnice otaczającej ich cyberprzestrzeni.
Monkey D. Luffy żegluje wraz ze swoją piracką załogą Słomkowego Kapelusza w poszukiwaniu legendarnego skarbu, który pozwoli mu zostać nowym królem piratów.