Ze względów zdrowotnych Kazuma wraz ze swym młodszym bratem Ayumu przeprowadzają się do mniejszego miasta. Teraz mają zamieszkać w gospodzie prowadzonej przez przyjaciela ich ojca. Niestety przez pomyłkę wsiadają do innego autobusu, a następnie gubią się w lesie. Na szczęście z opresji ratuje ich piękna dziewczyna o imieniu Ui.

Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.