Kire Goshima wraz ze swoim chłopakiem Shuichi Saito zostają wplątani w dziwne zjawiska związane z motywem spirali, która pochłania powoli całe miasteczko.
Po globalnym kryzysie finansowym świat pogrąża się w "zrównoważonej wojnie" prowadzonej przez sztuczną inteligencję. Zadaniem Sekcji 9 jest walka z cyberzagrożeniami.
Akcja filmu rozgrywa się w alternatywnej teraźniejszości. Ludzie już nie toczą między sobą wojen, jednak przemoc wciąż ich fascynuje. Dla rozrywki tworzą sztuczne konflikty zbrojne, gdzie "mięsem armatnim" są piloci zwani Kildrenami, stworzona genetycznie rasa istot, które nie mogą się zestarzeć. Jednym z Kildrenów jest Yuichi, który przybywa do nowej jednostki lotniczej.