Senkuu i jego towarzysze przygotowują się do bezpośredniego starcia z mózgiem zjawiska petryfikacji - rzekomo przebywającym na Księżycu. Ambitny projekt statku kosmicznego wymaga jednak ogromnych zasobów ludzkich i krytycznych zasobów rozproszonych po całym świecie. Dlatego też zespół eksploracyjny Królestwa Nauki rozpoczyna swoją transkontynentalną podróż na statku Perseusz, aby zebrać wszystkich. Wyposażeni w nowoczesną technologię i wzmocnieni nowymi, zdolnymi członkami w swoich szeregach, zespół eksploracyjny czuje się pewnie, wyruszając do swojego pierwszego celu: Ameryki. Szybko zdają sobie sprawę, że region ten jest teraz domem dla przeciwników kontrolujących potrzebne im zasoby, wykorzystujących technologię naukową, która dorównuje ich, a nawet je przewyższa. W starciu nauki z nauką, Senkuu i jego zespół muszą przechytrzyć rywali, jeśli chcą mieć jakąkolwiek szansę na zapewnienie przetrwania i odrodzenia ludzkości.
Połączone siły Imperium Mocy Tsukasy oraz Królestwa Nauki chcą dopłynąć na drugi koniec świata, by poznać tajemnice jasnego świtała, które doprowadziło ludzkość do zagłady.
Azusa Aizawa odradza się jako nieśmiertelna wiedźma. Jako, iż w poprzednim życiu umarła z przepracowania w korporacji, teraz postanawia wieść długie, leniwe życie bez zmartwień.
Na skutek tajemniczego rozbłysku światła cała ludzkość zostaje zamieniona w kamień. Po trwającej kilka tysięcy lat petryfikacji Taiju oraz jego genialny przyjaciel Senku wybudzają się i przystępują do odbudowy zniszczonej cywilizacji.
Oumae Kumiko zaczyna swoją edukację w szkole średniej, dziewczyna ma planach dołączenie do klubu instrumentów dętych, jednak widząc, że jej znajoma z poprzedniej szkoły także do niego dołącza - rezygnuje. Sytuacja zmienia się jednak, gdy koleżanki z obecnej klasy - Hazuki i Sapphire - również wyrażają chęć dołączenia do tego samego klubu. Pod ich wpływem Kumiko ostatecznie przełamuje się i deklaruje chęć wpisania na listę klubowiczów.