Ninje z ukrycia chronią świat przed złem. Yakuza zbiera samotnych wyrzutków i robi z nich przestępców. Odradza się ich konflikt, która rozpoczął się wieki temu. Ninja Shinoha i yakuza Kiwami zaprzyjaźniają się, gdyż obaj lubią anime, ale wojna pomiędzy ninjami i yakuzą się nasila. Kto przetrwa a kto zginie? Ninje czy yakuza?

Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.