Medium Yoh Asakura bierze udział w organizowanym raz na 500 lat turnieju bitewnym, w którym mierzy się z innymi szamanami, aby zdobyć tytuł wszechwładnego króla szamanów.
Rodzice Thora i Raia zostają zamordowani, a oni sami zesłani na obcą planetę. W nowym otoczeniu chłopcy toczą walkę o przetrwanie, wierząc, że kiedyś powrócą do domu.
Stowarzyszenie Chronos potajemnie sprawuje rządy nad światem by utrzymać pokój i harmonię. Jednym z ich najlepszych zabójców jest Numer XIII, Train Hartnett, znany jako Black Cat. Na pierwszy rzut oka, dzieciak pozbawiony jakichkolwiek zasad moralnych do czasu, gdy jego losy skrzyżują się z niezwykłą dziewczyną. Zawiły splot zdarzeń sprawia, że jest zmuszony porzucić swych mocodawców i sprzymierzyć się z ludźmi, za sprawą których zacznie podążać własną drogą ku swemu przeznaczeniu.