Ash po powrocie z regionu Unova, gdzie poznał dziennikarkę Alexę, postanawia udać się do jej rodzinnego regionu Kalos. W nowych przygodach bohaterowi towarzyszy Serena oraz rodzeństwo Clemont i Bonnie.

Psychoterapeutka wyrusza na poszukiwania skradzionej maszyny do kontrolowania snów, aby zapobiec globalnej katastrofie.

Stowarzyszenie Chronos potajemnie sprawuje rządy nad światem by utrzymać pokój i harmonię. Jednym z ich najlepszych zabójców jest Numer XIII, Train Hartnett, znany jako Black Cat. Na pierwszy rzut oka, dzieciak pozbawiony jakichkolwiek zasad moralnych do czasu, gdy jego losy skrzyżują się z niezwykłą dziewczyną. Zawiły splot zdarzeń sprawia, że jest zmuszony porzucić swych mocodawców i sprzymierzyć się z ludźmi, za sprawą których zacznie podążać własną drogą ku swemu przeznaczeniu.

Ash rusza z pomocą uwięzionej matce i córce profesora Hale. Na jego drodze staje Unown, tajemniczy pokemon posiadający moc zamiany myśli w rzeczywistość.