Czterdziestoletni Kenichi zostaje przeniesiony do innego świata bez powodu. Próbując uciec z lasu zdaje sobie sprawę, że ma dostęp do ogromnego internetowego sklepu.
Gauche Suede pracuje jako tzw. Letter Bee - jeden z wielu specjalnie wyszkolonych listonoszy, którzy zajmują się dostarczaniem korespondencji przemierzając pełne niebezpieczeństw ziemie AmberGround. Pewnego dnia dostaje za zadanie dostarczyć dosyć niezwykłą przesyłkę, którą okazuje się być mały chłopiec – Lag Seeing. Jako że Gauche traktuje swoją pracę bardzo poważnie zabiera płaczącego malca i odprowadza go we wskazane miejsce. Podczas wspólnej podróży obaj chłopcy zaprzyjaźniają się, a Lag będąc pod wielkim wrażeniem tego, z jakim oddaniem Gauche wykonuje swoje zadanie, postanawia, że sam w przyszłości zostanie Letter Bee. Kiedy po 5 latach jego marzenie o byciu listonoszem w końcu się spełnia Lag postanawia odnaleźć dawnego przyjaciela. Niestety okazuje się, że Gauche zaginął, a jego tajemnicze zniknięcie do tej pory nie zostało wyjaśnione.
Historia rozgrywa się w świecie w którym zjawiska nadprzyrodzone zostały całkowicie wyjaśnione w sposób naukowy. Główny bohater Kamijou Touma mieszka w "mieście szkół" zajmującym większość zachodnich rejonów Tokio. Szkoły znajdujące się na tym terenie kształtują u swoich uczniów zdolności nadprzyrodzone od poziomu 0 do poziomu 5. Touma sklasyfikowany jest na poziomie 0, co jest dla niego źródłem frustracji i braku zrozumienia wśród kolegów. Jedyną zdolnością jaką posiada, jest siła w prawej ręce, która niweluje zdolności paranormalne innych osób. Pewnego dnia na balkonie jego mieszkania pojawia się dziewczyna ubrana w biały habit, która w swojej pamięci zarejestrowała całą wiedzę magiczną znaną światu i z tego powodu jest ścigana przez magów. Od tej pory Touma wplątuje się w walkę między czarodziejami pragnącymi zapanować nad światem.
Pomiędzy Unią, a Deague toczy się wieloletnia wojna międzygwiezdna. Ralph to wyjątkowo zdolny pilot mecha typu Strain walczący po stronie Unii, którego umiejętności są stawiane za wzór kandydatom na nowych pilotów. Młodsza siostra Ralpha, 16-letnia Sara pragnie zostać pilotem i przyłączyć się do walki u boku brata. Pewnego dnia Deague atakuje obóz treningowy Sary, a na czele napastników stoi nie kto inny jak sam Ralph. Sara postanawia za wszelką cenę odnaleźć brata i dowiedzieć się dlaczego zdradził Unię i przyłączył się do wroga.