Nastoletni Lelouch otrzymuje moc zwaną Geass, dzięki której wymusza posłuszeństwo na każdym, kto spojrzy mu w oczy. Chłopak postanawia wykorzystać dar, by zniszczyć obecne imperium i stworzyć nowy, lepszy świat.

Yukinari, będąc niezwykle niskim, całe życie obrywał od dziewczyn. Doprowadziło to do wytworzenia się swoistego uczulenia na płeć przeciwną. Pewnego dnia, w trakcie jednej z walk wpada do wanny. Jakże wielkie było jego zdziwienie gdy okazuje się, że znajduje się w innym świecie, którego populacje stanowią prawie wyłącznie kobiety. Od razu stał się sensacją. Jednakże musi powrócić do domu. Okazało się to być niezwykle łatwe, lecz razem z nim przybywa Miharu, jedyna kobieta nie wyołująca u niego alergii. Na (nie?)szczęscie chłopak jeszcze nie wie, że kilka już niebawem dziewczyn zacznie wyraźnie się nim interesować...

Inżynieria genetyczna osiągnęła w przyszłości bardzo wysoki poziom - naukowcy stworzyli ludzi idealnych - silnych, wytrzymałych a także pięknych, nazwano ich koordynatorami. Zawiść przeciętnych ludzi doprowadziła do opuszczenia przez koordynatorów ziemi i osiedlenia się ich na wielkich stacjach kosmicznych. Pewnego dnia niemy pokój został przerwany - ludzie atakują jedną z kolonii. Odpowiedź organizacji ZAFT stworzonej przez koordynatorów jest szybka - kontratak. Zaczęła się wojna...