Podążaj za Neo, który prowadzi zwyczajne życie w San Francisco, gdzie jego terapeuta przepisuje mu niebieskie pigułki. Jednak Morfeusz oferuje mu czerwoną pigułkę i ponownie otwiera jego umysł na świat Matrix.

Połączona parapsychicznie grupa ludzi musi ustrzec się przed tymi, którzy traktują ich jako zagrożenie dla całej cywilizacji i porządku świata.