Lukas Franke pada ofiarą hakerów i zostaje posądzony o powiązania z ekoterroryzmem. Gdy nawet bliskie mu osoby zaczynają wątpić w jego niewinność, mężczyzna postanawia zrobić wszystko, by jej dowieść.
Od czasu wyjazdu męża Fay samotnie wychowuje ich syna, podczas gdy jej słynny brat siedzi w więzieniu. Pewnego dnia w jej domu pojawiają się niespodziewanie agenci C. I. A., którzy twierdzą, że Henry nie żyje i są zainteresowani odzyskaniem pisanych przez niego dzienników. Okazuje się, że zawarte w nich informacje mają dla nich szczególną wartość, a przeszłość Henry'ego kryje więcej niespodzianek, niż Fay kiedykolwiek mogła przypuszczać. Aby zdobyć zaginione dzienniki żona Foola opuszcza Amerykę i wylatuje do Paryża. Ale to jeszcze nie koniec jej podróży...
W totalitarnej Anglii jedyną osobą walczącą o wolność jest bojownik przebrany za Guya Fawkesa – V, który pewnego dnia uwalnia z rąk agentów rządowych młodą kobietę.
Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.