Lukas Franke pada ofiarą hakerów i zostaje posądzony o powiązania z ekoterroryzmem. Gdy nawet bliskie mu osoby zaczynają wątpić w jego niewinność, mężczyzna postanawia zrobić wszystko, by jej dowieść.
Mąż Fay znika bez śladu. Po latach u kobiety zjawia się agent CIA i nakłania ją do odszukania notatek Henry'ego, gdyż są w nich zawarte informacje mogące zaszkodzić bezpieczeństwu USA. Okazuje się, że mężczyzna był szpiegiem.
W totalitarnej Anglii jedyną osobą walczącą o wolność jest bojownik przebrany za Guya Fawkesa – V, który pewnego dnia uwalnia z rąk agentów rządowych młodą kobietę.
Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.