Lukas Franke pada ofiarą hakerów i zostaje posądzony o powiązania z ekoterroryzmem. Gdy nawet bliskie mu osoby zaczynają wątpić w jego niewinność, mężczyzna postanawia zrobić wszystko, by jej dowieść.

Oszpecona i poważnie ranna Nelly uchodzi cało z Auschwitz. Kobieta udaje się do Berlina, by odnaleźć męża, który podobno wydał ją nazistom.

Kierowca wyścigowy odkrywa, że wyniki zawodów są ustawiane przez motoryzacyjną korporację. 

Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.