Duch Hanako-kun i jego ludzka asystentka Nene Yashiro utrzymują równowagę pomiędzy siłami nadprzyrodzonymi a uczniami Akademii Kamome. W czasie wolnym od szkoły odkrywają sekrety wstrząsające światem.
Shinji, Asuka i Rei wędrują po zrujnowanej na skutek Trzeciego Uderzenia Ziemi, szukając schronienia oraz możliwości skontaktowania się z organizacją WILLE zanim Gendo Ikari wprowadzi w życie Projekt Dopełnienia Ludzkości.
Ohma Tokita wkracza do świata, w którym korporacyjne spory rozstrzyga się za pomocą walk gladiatorów. Pieniądze nie są ważne. Dla niego liczy się walka i wygrana.
Od wydarzeń, które niemalże zniszczyły świat minęło czternaście lat. Shinji budzi się do życia w całkiem nowym otoczeniu, lecz walka nadal trwa i nic nie zwiastuje jej końca.
Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.
Nastolatek Ichigo Kurosaki, posiadający zdolność widzenia duchów, otrzymuje moce boga śmierci-Shinigami od Rukii Kuchiki i wyrusza, aby ocalić świat przed Pustymi.
Wbrew swojej woli Ikari Shinji zostaje wybrany na pilota Evangeliona, humanoidalnego robota, który broni Ziemi przed kosmicznymi najeźdźcami. Zamknięty w sobie chłopak zmaga się nie tylko z przeciwnikami, ale i samym sobą.