Duch Hanako-kun i jego ludzka asystentka Nene Yashiro utrzymują równowagę pomiędzy siłami nadprzyrodzonymi a uczniami Akademii Kamome. W czasie wolnym od szkoły odkrywają sekrety wstrząsające światem.

Shinji, Asuka i Rei wędrują po zrujnowanej na skutek Trzeciego Uderzenia Ziemi, szukając schronienia oraz możliwości skontaktowania się z organizacją WILLE zanim Gendo Ikari wprowadzi w życie Projekt Dopełnienia Ludzkości.

W Akademii Kamome krążą plotki o siedmiu tajemnicach szkoły, a jedną z nich jest Hanako-san.

Dwaj detektywi badają sprawę morderstw osób obdarzonych specjalną mocą o nazwie "minimum".

Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE. 

Nastolatek Ichigo Kurosaki, posiadający zdolność widzenia duchów, otrzymuje moce boga śmierci-Shinigami od Rukii Kuchiki i wyrusza, aby ocalić świat przed Pustymi.

Wbrew swojej woli Ikari Shinji zostaje wybrany na pilota Evangeliona, humanoidalnego robota, który broni Ziemi przed kosmicznymi najeźdźcami. Zamknięty w sobie chłopak zmaga się nie tylko z przeciwnikami, ale i samym sobą.