Gdy amerykańska łódź podwodna zostaje zaatakowana przez nieznane stwory, ludzkość staje w obliczu wojny z mieszkańcami legendarnej krainy - Atlantydy.

Scooby Doo wraz z ekipą detektywów wyjeżdża do Magicznej Akademii Whirlena Merlina, aby odwiedzić siostrę Velmy. Na miejscu stawiają czoła tajemniczemu potworowi - Gryfonowi.