Beethoven, bernardyn państwa Newtonów, zakochuje się w Missy i wkrótce przychodzą na świat ich szczenięta. Właścicielka suczki nie ma względem psów dobrych zamiarów.
Kiedy prezydent USA oddaje się rozrywkom, podczas oficjalnych spotkań zastępuje go łudząco do niego podobny Dave. Wkrótce polityk zapada w śpiączkę, a sobowtór zostaje poproszony o granie swej roli 24 godziny na dobę.
Mały bernardyn przypadkowo trafia pod dach państwa Newtonów. Dzieciaki zauroczone szczeniakiem nadają mu imię Beethoven i przekonują niechętnego ojca, by pozwolił im go zatrzymać.
Trzech doktorów parapsychologii zakłada firmę zajmującą się zwalczaniem duchów. Wkrótce będą musieli zmierzyć się z pradawną złą mocą opanowującą miasto.