Beethoven, bernardyn państwa Newtonów, zakochuje się w Missy i wkrótce przychodzą na świat ich szczenięta. Właścicielka suczki nie ma względem psów dobrych zamiarów.
Kiedy prezydent USA oddaje się rozrywkom, podczas oficjalnych spotkań zastępuje go łudząco do niego podobny Dave. Wkrótce polityk zapada w śpiączkę, a sobowtór zostaje poproszony o granie swej roli 24 godziny na dobę.
Mały bernardyn przypadkowo trafia pod dach państwa Newtonów. Dzieciaki zauroczone szczeniakiem nadają mu imię Beethoven i przekonują niechętnego ojca, by pozwolił im go zatrzymać.
Po nagłej śmierci ojca, 11-letni Obie, chcąc ukoić smutek, odbywa dalekie wyprawy rowerowe. Pewnego dnia trafia do dzielnicy slumsów. Zostaje otoczony przez nastoletnich rabusiów, którzy zabierają mu ostatni prezent ojca - kosztowny zegarek. W trakcie tego zdarzenia Obie poznaje Scama, czarnego rówieśnika, który od śmierci matki dba sam o siebie. Chłopcy zaprzyjaźniają się. Ojciec czarnego chłopca mieszka gdzieś w Luizjanie. Obie i Scam kradną samochód i ruszają w drogę na jego poszukiwanie nie wiedząc, że w bagażniku znajdują się zwłoki. Ich śladem rusza dwóch gangsterów i policja.
Trzech doktorów parapsychologii zakłada firmę zajmującą się zwalczaniem duchów. Wkrótce będą musieli zmierzyć się z pradawną złą mocą opanowującą miasto.