Gdy kosmiczne zjawisko przenosi całe podmiejskie osiedle w nieznane miejsce, rodzina Plattów jednoczy siły, aby przetrwać w nowej rzeczywistości.

Przed sądem wojskowym toczy się rozprawa przeciwko oficerowi oskarżonemu o bezpodstawne przejęcie władzy na okręcie wojennym.

Podążaj za Neo, który prowadzi zwyczajne życie w San Francisco, gdzie jego terapeuta przepisuje mu niebieskie pigułki. Jednak Morfeusz oferuje mu czerwoną pigułkę i ponownie otwiera jego umysł na świat Matrix.