Po latach spokoju statek Sidonia ponownie staje w obliczu zagrożenia ze strony Gauna. Nagate Tanikaze bierze udział w działaniach mających na celu ochronę statku i jego mieszkańców.

Licealistka Sawako, którą rówieśnicy przezywają "Sadako" ze względu na jej mroczny styl, zaczyna powoli się otwierać, gdy zaprzyjaźnia się z popularnym Kazehayą.

Jil i jego towarzysze wyruszają w poszukiwania legendarnego artefaktu, który znajdujące się na szczycie wieży Druagi.