Od wydarzeń, które niemalże zniszczyły świat minęło czternaście lat. Shinji budzi się do życia w całkiem nowym otoczeniu, lecz walka nadal trwa i nic nie zwiastuje jej końca.
Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.
Monkey D. Luffy żegluje wraz ze swoją piracką załogą Słomkowego Kapelusza w poszukiwaniu legendarnego skarbu, który pozwoli mu zostać nowym królem piratów.
Wbrew swojej woli Ikari Shinji zostaje wybrany na pilota Evangeliona, humanoidalnego robota, który broni Ziemi przed kosmicznymi najeźdźcami. Zamknięty w sobie chłopak zmaga się nie tylko z przeciwnikami, ale i samym sobą.