Wojna się skończyła, a Violet Evergarden potrzebuje pracy. Pozbawiona emocji bohaterka zajmuje się pisaniem listów, aby lepiej zrozumieć siebie i własną przeszłość.

W niedalekiej przyszłości, duchy, zjawy oraz potwory są w pełni widoczne za sprawą wirusa, który zainfekował całą ludzkość za zawsze zmieniając ludzki kod genetyczny. Chłopak o imieniu Haruhiko prowadzi szkolny klub zrzeszający ludzi posiadających specjalne umiejętności pozwalające na odsyłanie tajemniczych stworzeń sprawiających problemy do innego świata. W ten sposób grupa znajomych broni przed nimi swojej szkoły.