Violet Evergarden trafia na ślad swego dawnego dowódcy, majora Gilberta, uznanego za poległego podczas Wielkiej Wojny.

Wojna się skończyła, a Violet Evergarden potrzebuje pracy. Pozbawiona emocji bohaterka zajmuje się pisaniem listów, aby lepiej zrozumieć siebie i własną przeszłość.

Oumae Kumiko zaczyna swoją edukację w szkole średniej, dziewczyna ma planach dołączenie do klubu instrumentów dętych, jednak widząc, że jej znajoma z poprzedniej szkoły także do niego dołącza - rezygnuje. Sytuacja zmienia się jednak, gdy koleżanki z obecnej klasy - Hazuki i Sapphire - również wyrażają chęć dołączenia do tego samego klubu. Pod ich wpływem Kumiko ostatecznie przełamuje się i deklaruje chęć wpisania na listę klubowiczów.

Rząd japoński potajemnie finansuje dwie działające jednostki zwalczające coraz częściej pojawiające się zjawiska nadprzyrodzone. Organizacje te to: P.D.C.H., oraz specjalny wydział Ministerstwa Środowiska. Podczas jednej z akcji oddział P.D.C.H. zostaje zdziesiątkowany przez potężną nadnaturalną istotę. Kiedy do walki wkraczają ludzie Ministerstwa Środowiska szybko okazuje się, że sprawczynią masakry jest ich była koleżanka.

Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.