Shōyō Hinata zaprzysięga zemstę na Tobio Kageyamie, który upokarza go podczas międzyszkolnego turnieju. Przekorny los sprawia jednak, że obaj zawodnicy ponownie się spotykają, tym razem po tej samej stronie siatki.
W roku 2029 świat jest połączony gęstą elektroniczną siecią, która rządzi każdym aspektem ludzkiego życia. Ta sama sieć staje się polem bitwy dla Sekcji Dziewiątej tokijskich sił bezpieczeństwa, która ma doprowadzić do aresztowania mistrza hakerów znanego jedynie jako Władca Marionetek.
W XXI wieku, meteoryt uderzył w Antarktykę. Po tym jak naukowcy chcieli zbadać to zjawisko, nastąpiła ogromna eksplozja, zaklasyfikowana jako "Drugie Zderzenie". Shinji Ikari jako czternastoletni chłopiec wyjechał do Tokyo3, żeby zobaczyć się z ojcem, który zostawił go wiele lat temu. W czasie jego przyjazdu miasto zmienia się w pole bitwy z ogromnymi potworami, zwanymi "Aniołami". Okazuje się, że Shinji jest w stanie zsynchronizować się z ogromnym robotem - Evangelion 01. Zostaje pilotem maszyny i staje w obronie miasta. W tle jego zmagań pojawiają się odpowiedzi na wiele pytań dotyczących "Aniołów", "Drugiego Zderzenia" czy walki człowieka z Bogiem...