11 miesięcy po wybuchu wojny jednorocznej w roku 0079 W.K. pilotka zaku II, kapitan Solari, mierzy się z nową bronią Federacji Ziemskiej - kombinezonem bojowym gundam.
Po II wojnie Sojuszu z PLANT pilot Gundam Kira Yamato zasila szeregi organizacji, która ma na celu wyeliminować pozostałych członków Niebieskiego Kosmosu.
Początkujący nauczyciel zostaje wychowawcą grupy uczniów o nadprzyrodzonych zdolnościach. Jego psotni podopieczni robią wszystko, aby uprzykrzyć mu życie.
Cały świat Aiko okazał się kłamstwem. Teraz dziewczyna dołącza do zespołu nurków, aby dotrzeć do miejsca, gdzie zaczął się Rozrost, zatrzymać go i ocalić swoją rodzinę.