11 miesięcy po wybuchu wojny jednorocznej w roku 0079 W.K. pilotka zaku II, kapitan Solari, mierzy się z nową bronią Federacji Ziemskiej - kombinezonem bojowym gundam.
Po II wojnie Sojuszu z PLANT pilot Gundam Kira Yamato zasila szeregi organizacji, która ma na celu wyeliminować pozostałych członków Niebieskiego Kosmosu.
Początkujący nauczyciel zostaje wychowawcą grupy uczniów o nadprzyrodzonych zdolnościach. Jego psotni podopieczni robią wszystko, aby uprzykrzyć mu życie.
Kagari prowadzi sklep z mapami w górniczym miasteczku, którego układ nieustannie zmieniają tajemnicze zapadliska. Wkrótce odkrywa, że kolejne katastrofy mogą być częścią większego spisku zagrażającego całej społeczności.
Na skarpie, otoczona lasem i płotem z kwiatów, znajduje się Mayoiga, czyli tradycyjny japoński dom, który jest opuszczony, ale dobrze zachowany. To właśnie tam mieszka starsza pani Kiwa, która zaprasza do siebie ośmioletnią Hiyori, która straciła głos, i wrażliwą siedemnastoletnią Yui. W wyniku trzęsienia ziemi te dwie zagubione i oddzielone od swoich rodzin dziewczynki postanawiają zamieszkać z tajemniczą panią Kiwą. Czy zaufają sobie nawzajem? I jakie sekrety odkryją w Mayoidze - domu tak gościnnym i obdarzającym szczęściem odwiedzających go, jak i zagadkowym? Jedno jest pewne - prawdziwy dom, nawet ten najbardziej niezwykły, tworzą nie tylko ściany, ale przede wszystkim jego lokatorzy i ich historie.
Po latach spokoju statek Sidonia ponownie staje w obliczu zagrożenia ze strony Gauna. Nagate Tanikaze bierze udział w działaniach mających na celu ochronę statku i jego mieszkańców.
Cały świat Aiko okazał się kłamstwem. Teraz dziewczyna dołącza do zespołu nurków, aby dotrzeć do miejsca, gdzie zaczął się Rozrost, zatrzymać go i ocalić swoją rodzinę.