Bóg Yato, zbierając fundusze na własną świątynię, za niewielką opłatą udziela ludziom pomocy. Tym sposobem poznaje nastoletnią Hiyori, której dusza z nieznanych powodów opuszcza ciało.

Użytkownicy tytułowej gry zostają w niej uwięzieni. Kirito postanawia uwolnić wszystkich z wirtualnej pułapki.