Serial opowiada historię superżołnierza, który próbuje obronić ludzkość przed pozaziemskim imperium wojskowym zwanym Przymierzem. Akcja rozgrywa się w XXVI wieku.
Men in Black zawsze chronili Ziemię przed szumowinami z innych planet. Tym razem zmierzą się z największym globalnym zagrożeniem w historii – w ich organizacji jest... wtyczka.