Gamera to prehistoryczny, latający, olbrzymi żółw. Ten super potwór wiele razy ratował Japonię. I tym razem broni Kraj Kwitnącej Wiśni przed atakiem potworów, które chcą zetrzeć ją z powierzchni ziemi.

Obcy porywają dwójkę dzieci, by pozyskać wiedzę z ich mózgów. Gamera rusza im na ratunek.

Gamera powraca. I to w samą porę by uratować Japonie przed Gaosem, tajemniczym nietoperzo podobnym stworem obudzonym przez wulkaniczną erupcję. Podobnie jak w poprzednim filmie o Gamerze pojawia się postać chłopca który wydaje się mieć jakiś emocjonalny link z potworem. Z pomocą naukowców próbują położyć kres zniszczeniom sianym przez Gaosa.

W wyniku wybuchu jądrowego budzi się potwór, który obiera sobie za cel zniszczenie Japonii.