Grupa nastolatek pochodzących z rodu czarodziejek uczęszcza do szkoły Alfea, w której uczą się kontrolować swoje moce.

5000 tysięcy lat temu faraoni grali o władzę w Grę Cieni. Doprowadziła ona do wojny o ogromnych rozmiarach. Dopiero faraon Yami dał radę unicestwić potwory nękające ludzi i niszczące świat. W tym celu zamknął je w płytkach, tajemnicze moce, a z nimi także swą własną duszę schował w siedmiu przedmiotach. Po wiekach Solomon Muto wraz z grupą innych archeologów, wykopuje pudełko z puzzlami Yami'ego i wręcza je swemu wnukowi Yugiemu. To on układa puzzle i uwalnia faraona dzięki czemu zostaje napełniony pradawną energią i mocą. Właśnie on zostaje wybrany by nie dopuściś do powrotu Gry Cieni.

Błąd w czasie misji sprawia, że jeż Sonic, jego przyjaciele, doktor Eggman i Szmaragdy Chaosu przenoszą się do innego wymiaru - na Ziemię.