Joe Gardner prowadzi zespół muzyczny w gimnazjum. Jego prawdziwą pasją jest jednak jazz. Joe przeżywa kryzys - zaczyna zadawać sobie pytania: "Po co tu jestem? Jaki jest cel mojego życia?".

Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Obcy porywają wszystkich rodziców w mieście Jimmy'ego, który musi ich teraz uratować.