Detektyw Ezekiel prowadzi śledztwo dotyczące brutalnych zabójstw sprzed lat. Nie zdaje sobie jednak sprawy, że morderca obmyślił zaskakujący, niecny plan.
Na terenie całego miasta pojawiają się ciała ludzi, którzy zginęli w różnych przerażających okolicznościach. Śledztwa zaczynają wskazywać nieprawdopodobnego sprawcę, a mianowicie nieżyjącego już Johna Kramera.
Leonardo, Donatello, Raphael i Michelangelo to cztery zmutowane żółwie, wyszkolone w sztukach walk przez mistrza Splintera. Wspólnie strzegą miasta Nowy Jork.
Uwolniona wskutek podwodnego wstrząsu ławica prehistorycznych piranii wpływa przez powstałą wyrwę do jeziora Wiktorii, nad którym zgromadziły się setki nieświadomych zagrożenia wczasowiczów.