W tytułowej Dolinie Bogów krzyżują się trzy wątki narracyjne, które prowokują widza do własnych interpretacji. Pierwszy to archaiczna legenda Indian Navajo o bogach zamkniętych w skałach doliny Valley of the Gods pełna bogatej symboliki i archetypów. Drugi to historia najbogatszego człowieka globu, tajemniczego Wesa Taurosa (John Malkovich), który dotknięty osobistą tragedią, ukrywa się przed światem. Trzeci wątek jest historią narratora, Johna Ecasa (Josh Hartnett), pisarza, który zmaga się z traumatycznym rozstaniem z żoną i twórczym kryzysem. W tym czasie firma Taurosa eksploatująca rudę uranu przejmuje Dolinę Bogów, gdzie planuje drążyć tunele w świętej ziemi. Spokój przodków Navajo zostaje zburzony a skały rodzą mściciela. Widz pozostaje z pytaniami: Jak daleko można posunąć się dla miłości? Jakie tajemnice skrywa mityczna ziemia Navajo?

Dwóch braci postanawia okraść bandytów zajmujących się handlem narkotykami.

Dziennikarz muzyczny, tłumacz i eseista Tomasz Beksiński wprowadza się do mieszkania obok swoich rodziców. Niebawem wychodzi na jaw, że nad rodziną ciąży fatum.

Amerykański scenarzysta staje się jednym z podejrzanych w sprawie tajemniczego morderstwa.

Policjantka z prowincjonalnej komendy prowadzi dochodzenie, które na zawsze zmieni jej świat.

Film opowiada o obronie polskiej placówki Westerplatte przed niemiecką armią. Akcja obejmuje siedem dni września 1939 roku.