Cate udaje się przetrwać atak Godzilli na San Francisco, po czym przeżywa kolejny wstrząs, gdy odkrywa szokujący sekret. Stawiając czoła potwornym zagrożeniom, wyrusza w pełną przygód podróż, aby poznać prawdę o swojej rodzinie i tajemniczej organizacji zwanej Monarch.

Logan zakochuje się w córce japońskiego mafiosa, który nasyła na niego armię bezwzględnych zabójców.