Film opowiada o tragicznym splocie historii i wiary, który naznaczył życie setek Polaków w czasie II wojny światowej. Zbrodnia katyńska, będąca symbolem sowieckiego terroru, pochłonęła nie tylko oficerów Wojska Polskiego, ale również przedstawicieli duchowieństwa prawosławnego. Dokument ukazuje ich heroizm, cierpienie i niezłomną wiarę, która - mimo brutalnych prześladowań - stała się fundamentem do ogłoszenia ich świętymi męczennikami.
Film przedstawia historię usamodzielnienia się prawosławia i powstania niezależnego Kościoła w Polsce. Próba odpowiedzi na pytanie, jak decyzje, które zostały podjęte 100 lat temu wpłynęły na ten Kościół i jego miejsce w polskiej oraz europejskiej rzeczywistości. Niezaprzeczalnie ważnymi elementami tego procesu był okres I Rzeczpospolitej, odzyskanie niepodległości, dwudziestolecie międzywojenne oraz druga wojna światowa i komunizm. Zaś ważnymi postaciami autokefalii byli metropolici: Jerzy Jaroszewski i Dionizy Waledyński, a także wielu innych biskupów, duchownych, działaczy i polityków.
Dokument opowiada o aresztowaniu prymasa Stefana Wyszyńskiego w Pałacu Arcybiskupim w Warszawie. Następnie o pobycie w Rywałdzie, Stoczku Warmińskim, Prudniku i Komańczy. W filmie poruszona zostaje również kwestia Ślubów Jasnogórskich i Wielkiej Nowenny. O Prymasie wypowiadają się historycy oraz osoby duchowne. Wykorzystany został także fragment "Zapisków więziennych" Stefana Wyszyńskiego, które czyta aktor Jerzy Zelnik. Niektóre fragmenty rękopisów Prymasa zostały umieszczone w filmie. Autorzy filmu przygotowali również inscenizacje z życia Prymasa podczas internowania. W tej roli wystąpił ks. Jan Rosiek. W filmie zaprezentowano liczne fragmenty artykułów z prasy polskiej, amerykańskiej i watykańskiej. Wykorzystano również materiały komunistycznego aparatu bezpieczeństwa, zgromadzone w archiwach Instytutu Pamięci Narodowej.