Lotnisko w rodzinnym mieście Rafaela zostało na jego cześć nazwane Międzynarodowym Lotniskiem Rafaela Hernándeza.
Zmarł na raka w San Juan (Puerto Rico). Pochowany jest na cmentarzu Santa Maria Magdalena de Pazzis Cemetery w Old San Juan (Puerto Rico).
Był założycielem Ligii baseballowej w Puerto Rico.