Dzięki tajemniczemu włóczędze pewna kobieta dowiaduje się, że ma supermoce — oraz bratnie dusze — i odkrywa wielki spisek.

Turczynka Esra żyje w dwóch światach: zjednoczonym Berlinie i wyśnionym, gdzie czuje się szczęśliwa.

Kierowca wyścigowy odkrywa, że wyniki zawodów są ustawiane przez motoryzacyjną korporację. 

Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.