Tsunayoshi "Tsuna" Sawada jest życiowym nieudacznikiem. Jego sytuacja zmienia się, gdy w jego domu pojawia się Reborn - zabójca pracujący dla Vongoli, jednej z najpotężniejszych mafijnych rodzin. Jego zadaniem jest przygotowanie Tsuny do objęcia stanowiska głowy rodziny.
Władze Japonii stają przed wielkim problemem jakim staje się znikanie mieszkańców państwa w niezrozumiałych okolicznościach. Sprawę mają zbadać Yushima Hiroshi i Satsuma Rentarou, którzy w trakcie śledztwa odkrywają, że masowe zniknięcia mają związek z otwieraniem wrót do nieznanego cyfrowego świata. Yushima, Satsuma i grupa naukowców wyruszają by zbadać nowy świat. Dziesięć lat po tych wydarzeniach z tajnego ośrodka DATS ucieka Agumon, cyfrowy potwór, który trafił na ziemię przez łączące Świat Realny oraz Digital World wrota. Jaki wpływ na wydarzenia miała wyprawa sprzed lat?
Kolejny wróg czarodziejek - Cyrk Martwego Księżyca przybywa do Tokio, by złapać ukrywającego się w ludzkich marzeniach Pegaza i zawładnąć Złotym Kryształem.