Hitomi, Rui i Ai to siostry-włamywaczki. Wykradają z muzeum obraz mniej więcej w tym samym czasie, co Lupin Trzeci kradnie inny. Dzieła należą do serii pędzla Michaela Heinza, "Dziewczyna z kwiatami". Mogą pomóc znaleźć zaginionego ojca sióstr. Odkrycie, że szuka ich także Lupin, rozpala w nich ogień.

Władze Japonii stają przed wielkim problemem jakim staje się znikanie mieszkańców państwa w niezrozumiałych okolicznościach. Sprawę mają zbadać Yushima Hiroshi i Satsuma Rentarou, którzy w trakcie śledztwa odkrywają, że masowe zniknięcia mają związek z otwieraniem wrót do nieznanego cyfrowego świata. Yushima, Satsuma i grupa naukowców wyruszają by zbadać nowy świat. Dziesięć lat po tych wydarzeniach z tajnego ośrodka DATS ucieka Agumon, cyfrowy potwór, który trafił na ziemię przez łączące Świat Realny oraz Digital World wrota. Jaki wpływ na wydarzenia miała wyprawa sprzed lat?