Hitomi, Rui i Ai to siostry-włamywaczki. Wykradają z muzeum obraz mniej więcej w tym samym czasie, co Lupin Trzeci kradnie inny. Dzieła należą do serii pędzla Michaela Heinza, "Dziewczyna z kwiatami". Mogą pomóc znaleźć zaginionego ojca sióstr. Odkrycie, że szuka ich także Lupin, rozpala w nich ogień.

Tsunayoshi "Tsuna" Sawada jest życiowym nieudacznikiem. Jego sytuacja zmienia się, gdy w jego domu pojawia się Reborn - zabójca pracujący dla Vongoli, jednej z najpotężniejszych mafijnych rodzin. Jego zadaniem jest przygotowanie Tsuny do objęcia stanowiska głowy rodziny.

Władze Japonii stają przed wielkim problemem jakim staje się znikanie mieszkańców państwa w niezrozumiałych okolicznościach. Sprawę mają zbadać Yushima Hiroshi i Satsuma Rentarou, którzy w trakcie śledztwa odkrywają, że masowe zniknięcia mają związek z otwieraniem wrót do nieznanego cyfrowego świata. Yushima, Satsuma i grupa naukowców wyruszają by zbadać nowy świat. Dziesięć lat po tych wydarzeniach z tajnego ośrodka DATS ucieka Agumon, cyfrowy potwór, który trafił na ziemię przez łączące Świat Realny oraz Digital World wrota. Jaki wpływ na wydarzenia miała wyprawa sprzed lat?

Sora wyjeżdża do Ameryki, by stać się członkiem cyrkowej grupy.

Kolejny wróg czarodziejek - Cyrk Martwego Księżyca przybywa do Tokio, by złapać ukrywającego się w ludzkich marzeniach Pegaza i zawładnąć Złotym Kryształem.