Ziemia chyli się ku zagładzie, odliczanie do upadku księżyca rozpoczęte. Tymczasem młodsza siostra Hinaty zostaje porwana przez tajemniczego wroga, jakim jest Toneri Ootsutsuki.
Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.
Tajemnicza grupa shinobi przeprowadza niespodziewany atak na osadę Konoha-gakure, która w wyniku tego odnosi wielkie straty. Widmo kolejnej Wielkiej Wojny Ninja może się urzeczywistnić. Sasuke, wciąż nukenin (ninja, który porzucił swoją osadę) z Konohy, kolejny raz pojawia się przed Naruto w nieznanym miejscu, aby zapobiec takiemu biegowi wydarzeń.
Rok 1925. Bezpański pies, odtrącony przez ludzi, jak i zwierzęta, decyduje się dowieźć lekarstwa do miasta Nome, w którym panuje epidemia dyfterytu. Ponadto wilczur rywalizuje z liderem zaprzęgu Steelem o względy suczki Jenny.
Żółwie Ninja ruszają na ratunek swojej przyjaciółce, April, która nieumyślnie przeniosła się w czasie do siedemnastowiecznej Japonii, ogarniętej wojną partyzantów z feudalną władzą.