Berlin, 1958 rok. 15-letni Michael zakochuje się w dużo starszej od siebie Hannie. Po latach oboje będą musieli zmierzyć się z jej przeszłością.

Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.