Władze Japonii stają przed wielkim problemem jakim staje się znikanie mieszkańców państwa w niezrozumiałych okolicznościach. Sprawę mają zbadać Yushima Hiroshi i Satsuma Rentarou, którzy w trakcie śledztwa odkrywają, że masowe zniknięcia mają związek z otwieraniem wrót do nieznanego cyfrowego świata. Yushima, Satsuma i grupa naukowców wyruszają by zbadać nowy świat. Dziesięć lat po tych wydarzeniach z tajnego ośrodka DATS ucieka Agumon, cyfrowy potwór, który trafił na ziemię przez łączące Świat Realny oraz Digital World wrota. Jaki wpływ na wydarzenia miała wyprawa sprzed lat?

Rok 2071. Łowcy nagród przemierzają kosmos w poszukiwaniu przestępców ściganych listami gończymi.