Licealista Kusuo Saiki przyrzekł w dzieciństwie, że będzie trzymał swoje telepatyczne moce w ukryciu. Nie oznacza to jednak, że jego życie stało się łatwe.
Piętnastoletnia zawodowa wiedźma, Kowata Makoto, opuściła Yokohamę wraz ze swoim kotem Chito, by zamieszkać u rodziny w pięknym, otoczonym dziewiczymi terenami mieście Aomori.
Na poddanym terraformacji Marsie grupa młodocianych żołnierzy buntuje się przeciwko dorosłym, którzy ich zdradzili, oraz przeciw opresyjnemu ziemskiemu rządowi.
Amagi Sougo jest chłopcem, który mieszka w mieście znajdującym się w Ogrodzie Indigo. Mieszkańcy tego miasta utrzymują się dzięki wydobyciu kryształów znajdujących się w podziemiach. Sougo, którego hobby to zbieranie rzadkich okazów tego surowca, zostaje wciągnięty w spór między jego znajomą z klasy - Kaon a jej rodziną. Podczas ucieczki Amagi oraz Kaon wpadają do wielkiego dołu, będącego odwiertem górniczym i odkrywają tam podziemne jezioro, gdzie poznają tajemniczą niebieskowłosą dziewczynę...