W 2045 roku Motoko Kusanagi i Sekcja 9 powracają, aby stawić czoła nowemu zagrożeniu, w pełnometrażowej wersji pierwszego sezonu "SAC_2045".

W 2024 roku terroryści porwali dla okupu Ernesta Serano, prezesa innowacyjnej firmy Serano Genomics, produkującej mikromaszyny. Incydent ten nazwano "The Laughing Man Incident". Sześć lat później, detektyw Yamaguchi, który wciąż prowadzi dochodzenie w tej sprawie, proponuje spotkanie Togusie z 9 Sekcji Bezpieczeństwa Publicznego. Wkrótce po wysłaniu tej informacji Yamaguchi ginie w wypadku. Mija kilka dni. W trakcie transmisji wywiadu, poświęconego kontrowersjom związanym z zastosowaniem interceptorów w policji, sygnał transmisyjny zostaje zakłócony przez geniusza komputerowego o imieniu "Laughing Man", który zapowiada popełnienie następnej zbrodni. Tajemniczy haker znowu zaczyna działać....

Ash wyrusza w podróż, by zostać najlepszym trenerem pokemonów na świecie.