Cate udaje się przetrwać atak Godzilli na San Francisco, po czym przeżywa kolejny wstrząs, gdy odkrywa szokujący sekret. Stawiając czoła potwornym zagrożeniom, wyrusza w pełną przygód podróż, aby poznać prawdę o swojej rodzinie i tajemniczej organizacji zwanej Monarch.
Snake Eyes zostaje przyjęty do starożytnego japońskiego klanu Arashikage, którego członkowie szkolą go na wojownika ninja. Jego honor i lojalność szybko zostają jednak wystawione na ciężką próbę, a on sam może stracić zaufanie najbliższych.
Dystopijna przyszłość, gdzie ludzkość utraciła zmysł wzroku i przystosowała się do nowych zasad przetrwania. Życie społeczeństwa ulega zmianie, gdy rodzą się zdolne do widzenia bliźnięta.
Po śmierci rodziców, trójka rodzeństwa trafia pod opiekę ekscentrycznego aktora hrabiego Olafa, który nie cofnie się przed niczym, aby zdobyć odziedziczony przez dzieci majątek.
Logan i Victor zostają zwerbowani przez pułkownika Strykera do wykonywania niecodziennych misji. Wolverine, widząc okrucieństwo, jakiego dopuszczają się pozostali najemnicy, odchodzi z jednostki.