Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.
Trzydzieści lat po zakończeniu popularnego programu telewizyjnego, wiewiórki Chip i Dale żyją zupełnie inaczej. Kiedy członek obsady z oryginalnego serialu w tajemniczy sposób znika, para musi ponownie się zjednoczyć, aby uratować przyjaciela.