Momonga, uwięziony w grze jako Król Czarnoksiężników Ains Ooal Gown, jednoczy siły ze Świętym Królestwem i Teokracją Slane, by pokonać demonicznego cesarza Jaldabaotha i jego armię półludzi, zagrażających pokojowi w regionie.

W lecie 1989 roku czterech chłopców z Tokio jest świadkami nadejścia Gamery – żółwia kaiju, który odważnie stawia czoła olbrzymim potworom pożerającym ludzi.