Cate udaje się przetrwać atak Godzilli na San Francisco, po czym przeżywa kolejny wstrząs, gdy odkrywa szokujący sekret. Stawiając czoła potwornym zagrożeniom, wyrusza w pełną przygód podróż, aby poznać prawdę o swojej rodzinie i tajemniczej organizacji zwanej Monarch.
Dan Chase odszedł wiele lat temu z CIA i od tego czasu żył na uboczu. Kiedy pojawia się zabójca, który próbuje zamordować Chase'a, stary agent przekonuje się, że aby mieć przyszłość, musi uporządkować swoją przeszłość.
Podczas międzynarodowych manewrów wojskowych Hawaje zostają zaatakowane przez kosmicznych agresorów. Odcięty od reszty Floty Pacyfiku niszczyciel dowodzony przez Alexa Hoopera podejmuje walkę z wrogiem.