Bohaterem "Kemeko Deluxe!" jest typowy uczeń liceum. Pewnego dnia w jego pokoju pojawia się mała lalka - robot. Zwraca się ona do chłopaka jak do swojego męża, po czym z jej ust wychodzi piękna dziewczyna, która rzekomo zna chłopca od 10 lat. Według jej opowieści wkrótce mają wziąć ślub.
Władze Japonii stają przed wielkim problemem jakim staje się znikanie mieszkańców państwa w niezrozumiałych okolicznościach. Sprawę mają zbadać Yushima Hiroshi i Satsuma Rentarou, którzy w trakcie śledztwa odkrywają, że masowe zniknięcia mają związek z otwieraniem wrót do nieznanego cyfrowego świata. Yushima, Satsuma i grupa naukowców wyruszają by zbadać nowy świat. Dziesięć lat po tych wydarzeniach z tajnego ośrodka DATS ucieka Agumon, cyfrowy potwór, który trafił na ziemię przez łączące Świat Realny oraz Digital World wrota. Jaki wpływ na wydarzenia miała wyprawa sprzed lat?