Kontynuacja wydarzeń z pierwszego sezonu Made in Abyss. Do podróżujących na dno Otchłani Riko i Rega dołącza Nanachi. Po przebyciu znajdującego się na piątej warstwie Oceanu Zwłok trafiają do placówki badawczej, gdzie swą siedzibę ma Bondrewd zwany Suwerenem Brzasku.
Eren Yeager wraz z pozostałymi członkami Korpusu Zwiadowców przygotowuje się do ponownego starcia z tytanami. Niestety jego działania zostają przerwane przez inwazję na Mur Maria. Jednocześnie odkrywa on, że nie wszystko jest takie, jakim się wydaje.