Ziemia znajduje się na krawędzi trzeciej wojny światowej, z każdego kraju zostają więc wyłonione jednostki obdarzone supermocami, które mają za zadanie zakończyć konflikt. Japonię reprezentuje dziewczyna cierpiąca na paraliżującą nieśmiałość.

Kiedy uczennice akademii Shinyo zaczynają znikać w tajemniczych okolicznościach, podejrzenie pada na lokalną miejską legendę - anioła śmierci znanego jako Boogiepop.

Kiedy Kiyotaka rozpoczyna naukę w elitarnej, sponsorowanej przez rząd szkole średniej, przekonuje się, jak bardzo system edukacji oparty jest na zasługach.