Tsubasa Oozora rozpoczyna piłkarską karierę i walczy o spełnienie swoich największych marzeń, w tym występ na mistrzostwach świata z reprezentacją Japonii.

Starożytne Chiny, Okres Walczących Królestw (475-221 p.n.e). Shin i Hyou są sierotami wojennymi mieszkającymi w Królestwie Qin. Ich wspólnym marzeniem jest zostanie "największymi siogunami na świecie". Pewnego dnia Hyou dostaje od ministra ofertę pracy i przenosi się do pałacu. Po jakimś czasie wraca jednak do wioski, będąc przy tym ciężko rannym. Na łożu śmierci ma do Shina ostatnią prośbę, która dotyczy odnalezienia i ochrony Ei Seia. Chłopiec okazuje się łudząco podobnym do Hyou młodym cesarzem Qin.

Przepełnione tajemniczą mocą karty z innego świata spadły na ziemię. Jak krople uciążliwego deszczu zalały kontynenty. Dzieciaki wpadły w euforię, ale część szybko uznała, że te karty są beznadziejne. Została jednak grupa, której udało się odkryć magiczne właściwości. Powstała gra wojenna. W pojedynku, po wyrzuceniu karty, na polu bitwy pojawia się kula. A z niej… wyłania się potężna istota, której wizerunek widnieje na karcie. Te istoty to Bakugany. Każdy z nich ma swój żywioł: Pyrus – ogień, Haos – światło, Ventus – wiatr, Aquos – woda, Darkus – ciemność, oraz Subterra – ziemia.Trzeba bardzo uważać, aby wyrzucić odpowiednią kartę. Raz pokonany Bakugan przepada na zawsze – dostaje się do Wymiaru Zagłady, z którego nie ma już wyjścia. Dzieci nie zdawały sobie sprawy, że ich gra odzwierciedla równoległy świat – Vestroię, w której każda walka odbywa się naprawdę. A spokój utrzymywany dzięki Jądru Ciszy i Jądru Nieskończoności został właśnie zachwiany. Pojawił się Bakugan, którego celem było zdobycie władzy. Vestroia zaczyna się rozpadać. Także świat ludzi staje się zagrożony. Przyjaciele Shuna – Dan, Runo, Marucho, Julie, Alice i Joe - zwani Młodymi Wojownikami muszą przywrócić porządek.