Wojownicze Żółwie Ninja powracają po latach nieobecności na dużym ekranie. Po pokonaniu starego wroga, Shreddera, rodzina żółwi zaczyna się rozpadać. Niepokój Splintera wzmagają dziwne wydarzenia do jakich dochodzi w Nowym Jorku. Przemysłowiec Max Winters po postrzeleniu staje się szalony. Zaczyna gromadzić armie starożytnych potworów. Kiedy uświadamia sobie, że jego plan zaczyna odnosić sukces, nie jest dłużej usatysfakcjonowany z zemsty przeciw byłemu pracodawcy. Teraz jego celem staje się dominacja nad całym światem.

Rok po śmierci Eric Draven powraca jako anioł zemsty, by pomścić morderstwo swoje oraz ukochanej Shelly. W misji towarzyszy mu czarny kruk, który jest łącznikiem ze światem żywych.