W cyberpunkowej Japonii przyszłości cyborg Motoko Kusanagi staje na czele Sekcji 9, elitarnej jednostki tropiącej cyberprzestępców. Jej pierwszym celem staje się tajemniczy haker znany jako Władca Marionetek.
Ken, Kazuki i Suzune, zostają przetransportowani do Królestwa Llingerów. Pomimo tego nieporozumienia, Usato przykuwa uwagę Rose, kapitana zespołu ratunkowego królestwa.