Natsume jest posiadaczem Księgi Przyjaciół, dzięki której może władać uwięzionymi w niej duchami.

Główną bohaterką serialu jest 18-letnia wielbicielka meduz Tsukimi Kurashita. Dziewczyna przeprowadza się do Tokio, aby zostać ilustratorką. Wprowadza się do Amamizu-kan, apartamentu zamieszkałego przez same dziewczyny, w którym panuje zasada "facetom wstęp wzbroniony". Pewnego razu, podczas wizyty w sklepie zoologicznym, bohaterka spostrzega, że w akwarium z jej ulubioną meduzą Clarą jest jeszcze jedna, która jej zagraża. Problem pomaga jej rozwiązać piękna nieznajoma, dzięki której Tsukimi zabiera meduzę do domu. Nieznajoma wprasza się do apartamentu Tsukimi i postanawia przenocować. Rankiem gość okazuje się kimś zupełnie innym, niż początkowo sądziła...

Takashi otrzymuje w spadku po babce Księgę Przyjaciół zawierającą spis pokonanych przez nią duchów. Chłopiec postanawia zwrócić właścicielom ich imiona.