Nastoletni Basara ma przeprowadzić się do domu swojej przyszłej macochy. Na miejscu dowiaduje się, że jego dwie ''siostrzyczki'' są tak naprawdę demonami.
Shidou Itsuka jest uczniem szkoły średniej, który mieszka ze swoją młodszą siostrą, Kotori. Kiedy zbliżające się trzęsienie ziemi zagraża bezpieczeństwu Tengu City, Shidou spieszy jej na ratunek, ale sam zostaje pochłonięty przez erupcję.
Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.